1999年，蕲春县被省政府列为全省十大优质油菜示范工程建设县。

2001年6月9日，参加“湖北省创建教育兴农示范县（市）经验交流现场会”的湖北省农业厅厅长倪德新、副厅长余胜伟等一行，在县农业局座谈时，对蕲春县近几年来在农业结构调整，特别是中药材生产在全省具有重要影响，在农业科技与教育的结合方面给予了充分肯定，并对蕲春在后段农业发展提出具体要求。蕲春县县委书记黄永文、县长邓新华、副县长张友启及市、县农业部门负责人参加了座谈会，蕲春县农业局局长吴永鹏对全县农业结构调整和农业局的工作情况作了汇报。

2002年1月，乡镇机构改革，原清水河、三渡、黄土岭、茅山、马畈、达城、大公、花园、桐梓、孙冲、田桥11个乡镇农技站被撤消，并成14个农技站。

2002年，蕲春县被省农业厅列为全省十五个无公害稻米生产基地建设县。

2003年7月下旬至8月上旬，持续高温干旱，导致中稻出现高温热害，受害面积13.4万亩，占中稻（一季晚）种植面积的51.6%。

2003年10—11月，全县行政事业单位机构改革试点工作在县农业局全面拉开，按照公布职位、公开报名、资格审查、笔试、演讲和测评、组织考察、决定任命等步骤，通过竞争上岗，13名行政编制，70名事业编制人员到岗到位，新的机构正式运转。改革后，行政人员全部是大专以上学历，平均年龄36.3岁，较改革前下降了7.3岁；农技推广事业编制人员，专业技术人员占92%，实现了人员结构的优化。

2003年7月，地处齐昌大道189号1栋7层2900m2的“蕲春县农业科技中心”从7月13日奠基至竣工，历时300天。