刘祖生在承担教学科研任务的同时，连任了三届浙江农业大学（后并入浙江大学）茶学系主任（1984年～1992年）。他带领全系师生，开拓进取，深化教学改革，取得明显成效。一是适应社会需求，开展多层次办学。他几次进京，争取商业部的支持，创办“茶叶经济贸易干部专修科”；他抓住机遇，与湖北农学院签订了联合办学协议并付诸实施；他多方努力，茶学函授专科恢复招生。二是在全校率先向校外聘请兼职教授，对兼职教授既明确任务，又落实政策。逢年过节，他还和其他系领导登门慰问，使兼职教授深受感动，使他们把承担的教学任务当成份内之事，认真努力完成。该系培养的全国第一名茶学博士生，就是由兼职教授阮宇成先生悉心指导的。三是尊老爱青，加强梯队建设。刘祖生在省内组织了两次大型茶叶学术活动，分别庆贺该系庄晚芳、张堂恒从教50周年，并编辑出版《庄晚芳茶学论文选集》和《张堂恒选集》，使两位老教授甚感欣慰；同时选派中青年教师分赴英、美、日、澳等国和国内著名大学深造。这对调动教师积极性与提高师资水平起了良好作用。四是主动与中国农业科学院茶叶研究所等3个研究所签订系所合作协议，开展合作研究、人才培养与学术交流，有力地促进了学科建设。五是建立激励机制，促进学生德、智、体、美全面发展。例如，茶学系在校运动会排名，常常比较偏后。他先抓思想动员，提出“系小志气大，人少主意多”，发动大家献计献策；同时，还发起建立系文体基金，奖励获得优异成绩的运动员。这些举措，果然奏效，在以后举行的校足球赛中，茶学系两次获冠军，一次获亚军。通过上述一系列改革，茶学系的工作大有起色，在校内外的知名度显著提高。

　　1986年经国务院学位委员会评审，通过该系为全国第一个茶学博士点；1989年又被评为全国唯一的茶学国家级重点学科。1991年11月，刘祖生受农业部委托，主持修订了“茶学专业硕士学位研究生培养方案”，并首次制订了“茶学专业博士学位研究生培养的基本要求”，从而为建立我国完整的高等茶学教育体系作出了贡献。

　　半个世纪以来，刘祖生教授先后为本科生、专科生和研究生主讲茶树育种学、茶树栽培学、茶作学、茶学概论、茶树遗传育种、茶用香花栽培学、茶树栽培育种专题和茶学专题等8门课程。他一人承担了3部全国统编教材《茶用香花栽培学》、《茶树栽培学》、《茶树育种学》的主要编写任务。他主编的《茶用香花栽培学》获省优秀教材二等奖，《茶树育种学》获全国优秀教材奖。在他倡议策划下，出版了百万字《中国茶学辞典》，任常务副主编。1991年11月，刘祖生教授受农业部委托，主持修订了“茶学专业硕士学位研究生培养方案”，并首次制订了“茶学专业博士学位研究生培养的基本要求”，为我国建立完整的高等茶学教育体系做出了重要贡献。50年来，累计参加培养本（专）科生1200余名、硕士研究生6名、博士研究生3名和留学生5名。他的学生遍布全国各地和亚洲、欧洲、美洲等世界各地，大多数都已成为我国乃至世界茶叶事业的骨干力量，有的已成为本领域的知名学者，有的已走上各级领导岗位。1989年他被评为“全国优秀教师”，荣获国家教委、人事部和全国教育工会联合颁发的奖章。