１９４２～１９４４年，王泽农先后在江西泰和参加筹建江西农业专科学校，在福建武夷茶区参加贸易委员会茶叶研究所的创建工作。他艰苦创业，在教学、科研工作中取得了成果。这时期他研制咖啡碱率先采用直接灼烧法，在武夷山区进行调查和详测茶岩土壤，都是在艰苦条件下取得的可喜成绩。

　　１９４６～１９４９年，王泽农回到上海，在复旦大学农学院茶业专修科任教授兼主任。这时期，南京国民政府对进步师生进行疯狂镇压和迫害。王泽农为了爱护和支持他们的正义斗争。在鼓励和教导学生努力学习专业的同时，还特别关心学生优良品德和进步思想的培养，经常参加学生时政座谈会，在他们主办的墙报上发表个人见解。当学生受到不公正的处分和迫害时，他积极参加进步师生的集会，进行正义的呼吁和抗议。

　　１９４９年５月上海解放，王泽农除继续在茶业专修科任教外，还筹建了复旦大学农业化学系，担任系主任。同时受命华东区军管会担任华东区茶叶公司总经理。建国初期，他工作繁重，除教学工作外，还担任复旦大学教学改革组副主任，以及其他社会工作。但王泽农始终坚持搞好教学工作，从没有放弃课堂讲授，为培养人才作贡献。

　　１９５２年院系调整，王泽农由上海复旦大学调至安徽大学农学院，１９５４年安徽农学院独立建院，他又由芜湖调至合肥。一直在茶业系任教，先后担任过土壤农化教研室主任、茶叶生物化学教研室主任、科研处处长、教务长、院学术委员会副主任等职。