工程跨越不同行政区域。最具代表性的是在计划经济时代形成的受益建设区可能在本受益地域上。建设的难度在于市场经济下的利益冲突，一边是公益事业必须的，一边又是自身的利益。两者的矛盾是不能兼得的。要改变这种现象：一是实行市场体制下的农田建设，建设的不再由受益户义务户负担，而是统一缴纳建设费用，由水管单位来统一规划建设。二是重新规划受益区域的建设地段，实行差额补助建设的办法。建设方式实行采取公司化运作管理，加强建设的规模化和透明度。

　　农田水利工程建设可以利用市场机制来解决，其系统内的公益性特点却不能完全依赖于市场。政府还是应该从政策和法律法规上进行调控和引导，完全市场化的农田水利经营管理，应从税、费中支持和服务。具有公益性的水利工程，应在市场化中考虑计划性的规划，制定必要的用水、防洪制度，约束市场化的管理行为。