刘祖生在承担教学科研任务的同时，连任了三届浙江农业大学（后并入浙江大学）茶学系主任（1984年～1992年）。他带领全系师生，开拓进取，深化教学改革，取得明显成效。一是适应社会需求，开展多层次办学。他几次进京，争取商业部的支持，创办“茶叶经济贸易干部专修科”；他抓住机遇，与湖北农学院签订了联合办学协议并付诸实施；他多方努力，茶学函授专科恢复招生。二是在全校率先向校外聘请兼职教授，对兼职教授既明确任务，又落实政策。逢年过节，他还和其他系领导登门慰问，使兼职教授深受感动，使他们把承担的教学任务当成份内之事，认真努力完成。该系培养的全国第一名茶学博士生，就是由兼职教授阮宇成先生悉心指导的。三是尊老爱青，加强梯队建设。刘祖生在省内组织了两次大型茶叶学术活动，分别庆贺该系庄晚芳、张堂恒从教50周年，并编辑出版《庄晚芳茶学论文选集》和《张堂恒选集》，使两位老教授甚感欣慰；同时选派中青年教师分赴英、美、日、澳