《种子法》实施以来，种子生产经营者质量竞争意识逐步增强，各级农业部门加大了市场监管力度，种子质量明显提高。一是指导种子企业强化质量管理。各级农业部门通过种子标准化和开展种子质量认证试点工作，积极规范引导种子企业不断强化质量过程管理，不断加强对种子企业的制种、加工、检验及包装等各方面的技术指导，注重加大对种子企业标签制作、使用的培训、指导和检查力度，认真督促企业做好质量管理工作。二是依法开展监督抽查和市场专项检查工作。监督抽查实现了从国家和省级到市县的延伸，抽查范围实现了由玉米、水稻种子向小麦、棉花、油菜、蔬菜等种子的延伸，抽查方式实现了由冬季仓库抽样向春秋市场抽样的延伸，抽查内容实现了从四项指标向包装、标签、档案等的延伸，极大地推动了种子质量的提高。据农业部2008年对150多家大中型种子企业“两杂”种子质量抽查，杂交玉米种子合格率为94%，杂交水稻种子为99%，比2001年分别提高了5个和13个百分点。由于种子质量的提高，近年来种子质量案件大为减少，供种质量安全总体得到了保证。