与此同时，在庄晚芳的主持下，组织了一批年轻教师开展茶树生物学特性的系统研究。１９５７年，他发表了《茶树根系的研究》一文，这是国内专门研究茶树根系的学术论文，使茶学界开始扭转了只重视茶树地上部分而忽略地下部分的倾向。在１９６３年召开的中国园艺学会年会上，庄晚芳等发表了题为《茶树一些生物学特性的初步观察》的论文，对茶树的生长发育及其与气候条件的关系作了较深入的探讨，引起全国茶学界的重视。

１９６４年８月，《茶叶科学》创刊号发表了庄晚芳的学术论文——《论茶树营养特点与茶园管理的综合技术》。论文首先阐明茶树的营养生长有如下特点：（１）茶树营养生长的连续性；（２）茶树营养生长与生殖生长