还是带博士、硕士研究生，都一样潜心备课，专心授课，并根据课程特点和学生的状况，不断更新教学内容、改变教学方法，千方百计调动学生的学习积极性、主动性和创造性。比如，他在讲授“茶树原产地”一节时，先把带有各种学术观点的国内外参考文献目录介绍给同学，要求每个人都要在课前认真查阅文献，分析研究不同的学术观点，并准备课堂发言提纲。然后，在上课时邀请持不同观点的同学上台发言，阐述己见。这样一来，学生的潜能一下就释放了出来。他们纷纷上台，发表自己的观点。结束时，他再做点评，纠正模糊的认识和错误观点。这种研究性教学方法，让学生不仅掌握了全部课程内容，而且还懂得了如何去学习。刘祖生严格治学、严格施教的师德影响了一代又一代茶学新人，成为他们的楷模。1989年，他被评为“全国优秀教师。”

从50年代中期至70年代初，他和有关教师一起不辞辛苦，翻山越岭，奔波于浙、皖、闽、苏、湘等十多个省(区)，几乎跑遍了全国主要茶区，进行茶树品种调查，收集了大量宝贵的种质资源，建立了20多顷的茶树资源圃。经过30多