此外，农产品质量安全问题突出。由于农药、化肥的大量使用，亚硝酸盐、重金属等有毒物质进入食物链，危及人类健康。饲料安全和畜产品安全、动物疫病控制也是重要难题。

　　基础地力不断下降“增肥低增产”唯一国家

　　据中国农科院土壤肥料研究所近年来的调查显示，全国各主要农区广泛存在不合理耕作、过度种植、化学品投入过量，导致农田土壤耕层变薄，土壤板结，土壤生物性状退化、酸化、盐渍化，土壤基础地力不断下降，土壤污染问题十分突出。基础地力是指不施肥时农田靠本身肥力可获取的产量。

　　山东、云南等省份一些蔬菜、花卉产区的农民不得不采取深翻底土、客土甚至更换地块等方式减缓产量下降。

　　分析显示，使用高氮化肥的国家中，中国是唯一的“增肥低增产”类型，2000~2008年九年中，中国的化肥总用量较90年代增