1952年院系调整,王泽农由上海复旦大学调至安徽大学农学院,1954年安徽农学院独立建院,他又由芜湖调至合肥。一直在茶业系任教,先后担任过土壤农化教研室主任、茶叶生物化学教研室主任、科研处处长、教务长、院学术委员会副主任等职。