但是，由于云南省古茶树分布的面积大、范围广，许多都处于山高林密之地，交通不便，资源的整体情况至今尚不是很清楚，给古茶树的保护、开发、利用等方面的工作和深入的研究都带来了极大的困难。更为严重的是，随着古茶树茶叶品质优良，滋味独特，价值不断提升，在一些地方，古茶树屡遭人为的破坏。对古茶树随意折枝砍杈、截顶挖根、掠夺性强采鲜叶、随意采摘果实、采集古茶树上衍生的特有药材；在古茶树园中滥施化肥、农药；在古茶树群中搭棚、建房、挖沙、取土、丢弃废物、倾倒垃圾、猎捕野生动物；有的甚至毁林开垦；有的竟肆意妄为，盗伐贩卖珍贵古茶树，将许多古茶树挖掘后出售，长途运输后“移栽”到一些部门和企业作“风景树”（由于古茶树移栽后极难成活，已造成许多珍稀的古茶树在“移栽”后大量死亡），至今仍在时常发生。这些情况，在云南省的古茶树资源区都不同程度的存在，给我们云南珍贵的古茶树资源带来了极大的破坏，古茶树资源的资源在减少，品质在变差，