明朝洪武十六年（1383年），将普日改称为普耳，划归车里军民宣慰使司管辖。万历年间（1572～1620年），李时珍着药典《本草纲目》中记有：“普洱茶出云南普洱”。明代编纂的《云南通志》记有：“车里之普洱，此处产茶”。两书语若同出，一致将普洱一词和普洱茶名固定，此后沿用不衰，至今无变。两名固定时间，比清雍正七年（1729年）成立普洱府早109年以上。据考证，普洱一词是由唐代的步日 、元代的普日、明代万历的普耳演变而来。此时期的普洱茶普遍受云南各族人士喜爱，明朝方志学家谢肇淅着《滇略》中将此情况记为：“士庶所用，皆普茶也”。

清朝（1644年~1911年），顺治十六年（1619年），吴三桂平定云南，将普洱、思茅、普藤、茶山、猛养、猛暖、猛棒、猛葛、整歇、猛万、上猛乌、下猛乌、整董编为十三个版纳，统归元江府管辖。据《思茅县志》载：“顺治十八年（1621年），思茅年加工茶叶10万担，经普洱过丽江销往西藏茶叶三万驮