据国内外科学家的大量实验结果，茶叶具有直接杀灭和抑制有害微生物的作用。茶叶中的儿茶素类化合物和茶黄素类化合物对许多肠道有害细菌都有很强的抑制作用。

福鼎白茶、绿茶中的儿茶素类化合物及红茶中的茶黄素类化合物对肠道中有害微生物的最小发育阻止浓度（MIC）大多为400～500微克／克，也有部分大于1000微克／克。如果每天饮茶3～5克，就会有200～350毫克的ECC和EGCG进入体内，虽然在进入肠道前有部分会被分解，但至少会有100毫克茶多酚的ECC和EGCG进入肠道，这个剂量远高于上述MIC浓度，所以茶叶中的有效成分具有中和有害细菌所产生的毒素的作用。

在有益细菌中，双歧杆菌是最主要的一类细菌，而茶叶对肠道中有益微生物的生长和繁殖具有促进作用。福鼎白茶等茶叶中的有效成分对双歧杆菌有促进生长和繁殖的功效。茶叶中有效成分可以明显改善肠道微生物的结构，增强肠道的免疫功能。各种实验还表明，茶对致龋细菌、肉毒芽孢杆菌、肠炎杆菌、金黄色葡萄球菌、荚膜杆菌、蜡样芽孢杆菌、志贺氏细菌、艾滋病毒等也有显着的抑制作