以上是中国茶叶常说的“发酵”基本含义。不过，由于中国茶叶种类繁多，加工工艺和制法丰富多彩，品质形成的界定各有不同，在有些茶叶的制作和品质形成过程中，除了上述的除自身酶促反应的生物氧化意义上的“发酵”外，有些环节也会有微生物也会参与。

例如，普洱茶熟茶的渥堆发酵过程，除酶促作用外，也有微生物的参与。经分离研究，主要的微生物有黑曲霉、米曲霉、棒曲霉、灰绿曲霉、根霉、乳酸菌及酵母菌等。湖南黑茶的发酵过程，也有微生物参与。

尽管如此，我们还是有必要区分清楚微生物参与的“发酵“和生物氧化意义上的“发酵”——否则，概念上的含混不清，容易导致大家对茶叶品质形成机理的误读。