005年开始，周红杰便带领项目组从茶叶选择开始进行了科研。项目组对西双版纳、思茅、临沧、保山和德宏等地区的茶树品种进行原料筛选研究。结果表明：适制生普洱（青饼）的有普洱宽红大叶茶、临沧邦东大叶茶，适制熟普洱（发酵普洱茶）的有潞西中山大叶茶、勐海勐宋茶，既适制生普洱（青饼）又适制熟普洱（发酵普洱茶）的有勐海大叶茶。适合加工生产普洱茶的鲜叶品种有：勐海大叶茶、易武绿芽茶、元江糯茶、景谷大白茶、云抗10号、云抗14号、云选9号、双江勐库大叶种、凤庆大叶种。

同时，项目组还建立了普洱茶加工过程中不同类群微生物的分离、鉴定分析方法体系，制定了相关实验规程。在研究普洱茶固态发酵过程中的主要微生物时，项目组分析了56个不同批次、不同阶段、不同层次的10余次大生产茶样中的微生物，分离纯化并分析研究证实：普洱茶大生产中各阶段起主要作用的主要优势微生物有黑曲霉、酵母菌类、米曲霉、根霉、木霉等。项目组发现，在普洱茶加工初期，黑曲霉最多，约占微生物80%左右，黑曲霉代谢产生的水解酶，在渥堆中期，表现