利用形态和生化成分来考察茶树的遗传变异、物种亲缘关系和系统演化还比较困难，而DNA分子标记是研究茶树遗传多样性和遗传演化的有效工具。Meegahakumbura等利用23个SSR标记对来自中国和印度的392份资源进行鉴定，发现中国和印度的茶树种质资源都具有丰富的遗传多样性，而且中国的茶、中国的阿萨姆茶和印度的阿萨姆茶都是独立驯化的。Fang等对185份茶树资源进行SSR 多态性分析，发现适制红茶的茶树资源遗传多样性明显高于乌龙茶。Xin等基于AFLP分子标记对云南5个地区（昆明、大理、丽江、腾冲和楚雄） 共190份云南茶鉴定分析，发现地区内的茶树遗传多样性高于地区间的多样性，同时也观察到这些茶树具有丰富的遗传多样性。Zhao等通过587份资源的分子标记鉴定，检测到野生资源内的遗传多样性和基因漂移都相对高于近期人工驯化的品种，说明人工选择驯化使得茶树资源的遗传多样性逐渐变窄。Yao等利用96对EST-SSR分子标记对来自中国14个茶区的450份资源进行研究，发