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六堡茶渥堆过程[6,10]中主要微生物有青霉、灰绿曲霉、黑曲霉、黄霉菌,其中曲霉、青霉在制茶过程中能促进变色, 但若干霉菌, 如黑曲霉则起相反作用。六堡茶在后发酵阶段也有少量金黄色散囊菌出现, 能产生淀粉酶、氧化酶。六堡茶在晾置陈化后,茶中便有可见的金黄色“金花”,这是有益品质的黄霉菌,它能分泌淀粉酶和氧化酶,可催化茶叶中的淀粉转化为单糖,催化多酚化合物氧化,使茶叶汤色棕红,消除粗青味。
四川康砖茶[11]中还发现了放线菌属以及耐高温的葡萄球菌属和毛霉