为抢救和保护这一珍贵的历史文化遗产，国务院2003年特批将阿尔寨石窟增补为第五批全国重点文物保护单位。

　　由于石窟构造方面存在严重病害，国家2003年拨出专款170万元，紧急抢救保护石窟危岩体和壁画脱落部分。此后又实施了危岩体加固工程，并修建了廊道、台阶、甬道。鄂托克旗还成立了阿尔寨石窟研究院，划定了保护范围，并已投资2800万元进行了较大规模的生态建设、基础设施建设。

　　“此次抢救整理出来的这批壁画将为研究中国古代北方民族的政治、经济、文化、艺术、宗教信仰和民俗提供丰富的形象史料。”《阿尔寨石窟壁画》拍摄者巴图吉日嘎拉说。