虽然大运河拥有丰富多样的遗产形式，但罗哲文仍然表示，家底不清是从开展大运河保护和“申遗”工作以来一直存在的一大问题。不少地区对大运河实体脉络、文化遗产的数量以及与之相关的历史文化自然价值等问题依然缺乏清晰的认识。造成这一问题的原因与大运河本身复杂的构成有关。大运河不仅时空跨度大，所包含的京杭大运河与隋唐大运河在保存现状上也是千差万别。京杭大运河在山东济宁以北的部分已经断流，济宁以南的部分，从元代至今还在作为运河通航使用，但是不同地段运河情况不同，有的河道发生变化，或者变宽、加深；或者原来河道已经废弃，在其附近开通了新的河道。隋唐大运河在时间上比元代开凿的京杭大运河至少早800年，由于社会与自然原因，如今的隋唐大运河多已废弃而且经淤积掩埋成为地下大运河。

　　国家文物局局长单霁翔不赞成“运河利用”，但不反对“运河开发”。他曾说：“运河的保护要使文化遗产积极地融入当前的经济社会发展，融入人民群众的日常生活中去，这样才能得到更多的理解和支持。”