所撰《悟真篇后序》中称，自陆诜死后，"三传非人，三遭祸患，皆不逾两旬。近方追忆师之所戒云：'异日有为汝解缰脱锁者，当直授之，余皆不许尔。'后欲解名籍而患此道人不之信，遂撰此《悟真篇》，叙丹药之本末，既成而求学者辏集而来"，"乃释而援之"。然所授非人而"罹祸患"，乃三省前过。

　　"自今以往，当钳口结舌，虽鼎镬在前，刀剑加项，亦无復敢言矣"。"倘好事者夙有仙骨，睹之则智虑自明，可以寻文解义，岂须仆区区授之矣"。据此序，张伯端似有人所未知的难言之隐。此序所言，与陆记"因书会意"说相合，并可确定授书于马默在元丰元年之后。又据张弟子所编《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀》卷上称："张子野人，身披百衲，自成都归于故山，……且夫奔涉山川、逾越险阻者，于兹十年而貌不衰、形不疲者"，可以断定张晚年确返回江南活动。元丰五年卒。

　　张伯端以内丹为修仙途径，其丹道思想比较突出的有两大相互关联的方面：

　　第一，高倡三教归一，尤推崇禅宗"明性"为最高境界。

　　他认为："释氏以空寂为宗，若顿悟圆通，则直超彼岸，如有习漏未尽，则尚徇于有生；老氏以炼养为真，若得其要枢，则立跻圣位，如其未明本性，则犹滞于幻形；其次，《周易》有穷理尽性至命之辞，《鲁语》有毋意、必、固、我之说，此又仲尼极臻乎性命之奥也。"④又称："教虽分三，道乃归一，奈何后世黄缁之流，各自专门，互相非是，致使三家宗要迷没邪歧，不能混一而同归矣。"⑤《佛祖统纪》卷四十六称其"尝遍参禅门，大有省发。后读雪窦《祖英集》，顿明心地，作歌偈以申其旨；且言独修金丹而不悟佛理者，即同楞严十仙，散入诸趣之报"。他自谓，《悟真篇》成后，感觉"于本源真觉之性有所未究，遂玩佛书及《传灯录》，至于祖师有击竹而悟者，乃形于歌颂诗曲杂言三十二首"；⑥并且声称"仆得达磨、六祖最上一乘之妙旨，可因一言而悟万法"。⑦第二，与内丹炼精气神相适应，引禅宗心性之说入内丹，其丹法以先修命、后修性为基本特征。他继承钟吕一派观点，认为道自虚无生万物是顺生过程，内丹修炼则反此，当复归虚无，与道合一："大丹妙用法乾坤，乾坤运兮五行分。五行顺兮常道有生有死，五行逆兮丹体常灵常存。"⑧他将道教修炼形气作为修命，又将禅宗"明心见性"同内丹中的"炼神返虚"调和起来而当作修性，主张："先以神仙命脉诱其修炼，次以诸佛妙用广其神通，终以真如觉性遣其幻妄，而归于究竟空寂之本源。"⑨其著作除《悟真篇》（又名《通玄秘要悟真篇》《金液还丹悟真篇》）外，《正统道藏》还收入署名张伯端撰的《金丹四百字》一卷（可能为白玉蟾托名之作，考白玉蟾乩笔《谢张紫阳书》可知）和《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀》三卷（其弟子所编）。有马默、张履、陆师闵和刘永年、翁葆光等人传其道，相传石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾一系得其正宗。