黄水晶与紫水晶、无色水晶常出现共生现象，黄水晶与紫水晶平行双晶黄、紫两色清晰，双晶接触面平直。

黄水晶的颜色（颜色是“色心”所致，晶胞中“色心”的变化导致不同颜色，当矿物受热时“色心”也产生变化，如冰洲石一样，颜色变浅或消失）变化很多，从己检测过的有浅金黄、灰黄、橙黄、浅黄、浅黄酒黄。

黄水晶中六边形及浑圆状、椭圆状气态、气液态、液态包体，沿结晶轴、原始裂隙分布，伴随有固态的乳白色似云朵状絮状物互相混杂。

　　黄水晶中的色带有宽窄相间，可形成多边形深浅相间色带，围绕结晶轴C分布，也有色斑团块分布。