北部湾博物馆的展览主题暂定名为“北部湾史话”。从大纲中看，拟涉及以下内容：展示北部湾的自然资源，如金滩银滩、红树林、白海豚等；展示滨海的古墓古城文化，如合浦汉墓、港市遗城；“海上丝绸之路”，展示自古以来的丝绸、珍珠、陶瓷贸易；展示滨海民族民俗文化，如客家山歌、疍家习俗；展示名士和英雄史诗，介绍汤显祖、刘永福、冯子材等历代名人；展示南珠和坭兴陶文化；展示北部湾国际区域合作新经济文化，介绍风生水起的广西北部湾城市群崛起过程。

　　广西百年军事要塞遗址博物馆(以下简称军博)则主要展示广西近代的“南疆长城”军事设施。这一防线从陆防到海防绵延1200多公里，包括大小连城等多处碉台、炮台、城墙，这些都是军事爱好者十分感兴趣、却又苦于无处全面了解的文物资源。布展打算运用现代最新展陈科技手段，显示整个要塞防线布局，营造防线的震撼性和观赏性。

　　该馆还将附带建设室外野战游乐场、复原炮台，让观众亲身体验城池攻防