展的权威理论，进而演变为描述画史的常识以及评判作品的套语。赞同、引用或沿着同一思路深化南北宗论的画家和理论家很多，而力图调和南北，或者表示怀疑的说法却显得很微弱，反而更衬托出这一理论的影响力之大。但是，从20世纪30年代开始，在“五四”重估传统文化价值的思潮推动下，董其昌和他的南北宗论都受到了前所未有的尖锐的批判。徐悲鸿就曾经严厉地说过，“吾尤恨董断送中国画二百余年，罪大恶极”，而滕固、童书业、启功、俞剑华等学者通过详备的考证后都指出南北宗论立论的“软肋”：用禅宗的历史来比附山水画的发展极为牵强；虽然董其昌强调“其人非南北”，但“南”、“北”还是容易令人误解为画家的籍贯；王维的地位被人为地抬高了；“渲淡”与“钩斫”的概念含混，用来区分流派显得过于简单生硬；等等。这些批评普遍倾向于把南北宗论看作是一种历史理论，而作为历史理论，它又是极端粗疏的，根本“不合于历史事实”，“是伪造历史，是非科学的”（俞剑华语）。

此后，南北宗论基本上被当作一种对山水画史的错误描述而遭到否定