由于种种原因，《全宋文》在原出版单位出版了数十册后搁浅。2003年，上海辞书出版社接手《全宋文》的出版工作，复旦大学、华东师范大学等又一批专家学者加入审校的行列。《全宋文》不仅版本问题十分复杂，文字内容古今相异，分篇句读颇费斟酌，鲁鱼亥豕之属更是难免，编校工作尤其显得繁复而艰巨。为此，出版社专门邀请在宋代文史方面卓有成就的研究专家如朱瑞熙、陈尚君、严佐之等，加上社内外的十数位资深编审，在编辑处理前，对全稿再进行一次认真的审读。然后再汇总他们的审读意见，派专人专程远赴四川，与主编和部分专家召开座谈会，交换看法。

《全宋文》涉及宋人作家9000多位，其中宋代作家小传中其籍贯的古今地名对应是编辑审稿中一个比较棘棘手的问题。由于许多地名今日已发生变化，还得先确定籍贯的二级地名，以示古今地名的差异。如萧山今已归属杭州，吴县已并入苏州，波阳又改成鄱阳等等。为此，编辑们依照上海辞书出版社出版的《中国古今地名大辞典》及其他权威工具书，将书中数千今地名进行了一次重新梳理，会同作者