大库内档是它的藏身之所，包括皇帝诏令、臣僚奏折、朱批谕旨、实录、圣训、会典、起居注、以及殿试考卷等，内也夹杂宋元刻本残书等。总数今已不可考，推测至少二、三百万件以上，重量近40万斤，但近代流失严重，如清末内阁大库失修后遭水淹，光绪25年一次清查霉烂就销毁4500捆库存文件，另一部分则被人为盗卖后移出宫外，成为国图、北大及市场现存最主要的来源，其中经由1916年历史博物馆筹备处挑选出较完整的存于故宫午门之上的62箱，1502袋，后来历经北京大学整理，直至1930年由故宫博物院接收。

1922年北洋曹琨贿选，政府财政吃紧，教育部、历史博物馆筹备处连职员工资都发不出，经由教育部同意历史博物馆筹备处第一次以废纸名义出卖存放于故宫午门外朝房内的明永乐至万历年间的档案，约十几万斤，售价3000大洋，至此这批珍贵的明代档案就无影无踪了；同年不久，再次出售历史博物馆存放于端门及朝房里的档案，包括清顺治到宣统年间的档案计有约15万余斤，装了8000麻袋，售价4050元大洋，这批档案少部分流散民间。

如今，清朝奏折