另外，对于通水，有人担心江水会出现“水土不服”的情况。本月初，郭公庄水厂利用南水北调中线通水实验水源开展了郭公庄水厂试验运行，供水范围为丰台、大兴部分地区，涉及277个小区、56万人，没有集中发生水土不服的情况。而这还是采用100%南水北调江水。27日南水北调江水正式进京，会按照江水与北京本地水1：4比例稀释，进一步降低各种风险。

由于江水是首次进入北京自来水管网，供水区域内管线因铺设年代不同、材质复杂，并不能完全避免新旧水源切换引起的局部、短期的“水黄”现象。市民如发现“水黄”，通过放水即可消除这一现象。