在介紹過水晶的科學分析及驗證之後，我們來看看水晶的分類。水晶的分類是五花八門，通常大致可分三類：1.Crystalline Varieties (顯晶類)、2.Crypto crystalline Varieties(隱晶類)、3. Special Varieties(特別類)。

一．Crystalline Varieties（顯晶類）：

平時我們觀賞到由多條六角形水晶柱(六方晶系)生成一簇的水晶簇，便是屬於Crystalline Varieties顯晶類，如白水晶、紫水晶、黃水晶、粉晶、髮晶、虎眼石等皆屬此類。

二．Crypto crystalline Varieties（隱晶類）：

隱晶類水晶外觀是一塊塊的，不是成六角水晶簇狀，但他們卻也是屬六方晶系的。但我們不能以肉眼觀察到他們的六角形結晶，因為結晶的體積極為細小，需以顯微鏡協助下才能看到六角形結晶。而此類水晶非常平滑，因為結晶之間有"水化矽石"填補。瑪瑙便屬於此類。

三．Special Varieties（特別類）：

這類水晶和一般水晶分別很大，難以歸為顯晶類或隱晶類，所以歸納為特別類，例如結晶古怪嶙峋的Skeleton Crystal(骨幹水晶)、水