Geigl解释说，由于许多古生物学家的研究都只是针对化石的形状，所以DNA本来就不在传统方法的保护范围以内。最大的问题是，DNA是怎么被洗掉的。人们常常把化石放在一起冲洗，污染物（比如现代人的DNA片断）就跟着流水乘虚而入。这样“不仅冲走了古代的DNA，还染上了当代的DNA”。

加拿大麦克马斯特大学的基因学家Hendrik Poinar说，绝大多数研究古代DNA的专家早就意识到这一点，但这不等于真正到野外挖掘化石的人也会这么做。

德国莱比锡普朗克演化人类学研究所的古生物学家Svante Pääbo认为，能否好好保护化石和化石上的DNA，取决于实验室里的基因学家和野外发掘者之间的沟通。只有一小部分化石得到了妥善保护。Pääbo的研究小组曾经为尼安德特人DNA测序，现在也常常遇到化石保存的问题。他感慨说：“想要研究古代人类和尼安德特人遗留下来的DNA，就要面对一个大麻烦——剔除现代人类DNA对