在普洱茶的发酵和后熟过程中，黑曲霉可以将单宁转化为没食子酸，使口感变得更温和;将糖类转化为醇，进而变为酯类，使茶叶暗香浮动。同时，黑曲霉也可以发酵产生有机酸、氨基酸，产生鲜香的口感。其他霉菌也会发挥各自的作用，比如根曲霉可以分解果胶，让茶叶软化，使茶汤更加黏滑、醇厚。青霉可以降解纤维素，产生少量游离糖类，赋予普洱茶甘甜的口感等。

现代发酵工业的理念也被应用于普洱茶的生产，比如用调配好比例的黑曲霉、米曲霉、酵母添加到普洱茶中，能调节各种功能性成分的含量，大大缩短发酵时间，降低生产成本，使普洱茶的品质得到提升。

黑曲霉和黄曲霉之“争”

2010年，广州市疾控中心在当地茶叶市场搜集了70个普洱茶样品，结果所有样品均被检出黄曲霉毒素，其中8个样品黄曲霉毒素超标(参照谷物的限量，每公斤5微克)。此外，也检测到另外三种真菌毒素：伏马菌素、T-2毒