为使新品种尽快产生效益，他每年都要深入茶区，亲自指导良种繁育推广的技术指导。例如，1998年以来，他五次亲临新县吕寺下坑村，深入苗圃、茶园，指导良种繁育。去冬今春，这座小山村仅繁育茶树良种这一项，户均收入就达2万余元。1999年，在他的策划下，新昌县镜岑镇人民政府与浙江大学茶叶研究所联合创建了全省最大的，“浙东茶树良种繁育基地”，3年累计育苗6000余万株，为加速我省茶园无性系良种化作出了重要贡献。

20世纪70年代初期，我省茶园平均亩产干茶不到50公斤，茶叶内外销十分紧张，不少城市百姓买茶还得凭票。因此，加速提高茶园单产，成为当时茶叶科研的当务之急。刘祖生与教研组同事童启庆受果桑密植高产的启发，立项开展了“茶树矮化密植速成高产栽培研究”。他们在余杭潘板8公顷试验地上，开展了不同品种、不同种植密度、不同排列方式和不同配套栽培技术的一系列试验。经过整整10年的持续研究，终于在全部实验地上获得了“早投产、早高产、早收益”的显著成果，单位面积纯收入比同龄常规茶园猛增2.85倍。这一开拓性的成果引起了全国茶叶界的广泛关注。先后有18个省(区)、市的12000多人员前来参观取经。刘祖生等也应邀到省内外巡回传授、推广这项技术。70年代末至80年代中，该顶成果在我省推广面积达1万顷以上，社会经济效益十分可观。

茶学是一门具有中国特色的学科。然而，这门古老而年轻的学科，在新形势下，也遇到了严峻的挑战。刘祖生认为，挑战就是机遇，只有抓住机遇，改革创新，学科才有出路。

1984至1992，刘祖生在连任三届茶学系主任期间，在全国率先与兄弟院校开展联合办学；在原浙农大率先聘请国内外兼职教授：在茶学系自50年代成立以来首次大规模地选派青年教师赴英、美、日、澳和国内著名大学深造；建立激励机制，强化师生的竞争意识；开展以茶文化为载体的社会主义道德教育，促进学生德、智、体、美全面发展。

茶学系经过这一系列改革面貌一新，学术地位和声望全面提高。1986年，被国务院学位委员会审定为全国第一个茶学博士学位授权点；1989年，又被确定为全国唯一的茶学国家级重点学科。1991年，作为学科带头人，刘祖生受农业部委托，主持修订了“茶学专业硕士学位研究生培养方案”，并首次制定了“茶学专业博士学位研究生培养基本要求”。2002年，在他的支持和努力下，茶学科再次被国家列入重点学科，成为浙大国家重点学科24强之一。刘祖生为国家建立完整的茶学高等教育体系作出了突出的贡献。