茶学是一门具有中国特色的学科。然而，这门古老而年轻的学科，在新形势下，也遇到了严峻的挑战。刘祖生认为，挑战就是机遇，只有抓住机遇，改革创新，学科才有出路。

1984至1992，刘祖生在连任三届茶学系主任期间，在全国率先与兄弟院校开展联合办学；在原浙农大率先聘请国内外兼职教授：在茶学系自50年代成立以来首次大规模地选派青年教师赴英、美、日、澳和国内著名大学深造；建立激励机制，强化师生的竞争意识；开展以茶文化为载体的社会主义道德教育，促进学生德、智、体、美全面发展。

茶学系经过这一系列改革面貌一新，学术地位和声望全面提高。1986年，被国务院学位委员会审定为全国第一个茶学博士学位授权点；1989年，又被确定为全国唯一的茶学国家级重点学科。1991年，作为学科带头人，刘祖生受农业部委托，主持修订了“茶学专业硕士学位研究生培养方案”，并首次制定了“茶学专业博士学位研究生培养基本要求”。2002年，在他的支持和努力下，茶学科再次被国家列入重点学科，成为浙大国家重点学科24强之一。刘祖生为国家建立完整的茶学高等教育体系作出了突出的贡献。