种子的形态，若为一室1粒的种子，一般呈钝锥形，基部膨大。种子底部有一柄痕，原是种子着生于中轴上的器官，按其起源，是球柄连接于心皮内缘的所属部分，有吸收母体营养的功能，故称为种脐。种脐的大小与色泽，随品种而异，它是鉴定品种的依据之一。与种脐并列的一侧，有一个小凹点，原是珠孔的痕迹。一室2粒的种子，呈半球形，相临的一侧为扁平，种脐位于削壁的底缘。一室3～4粒的种子，夹在中间的呈压扁状，或呈方形削壁。因此当用种子特征鉴定品种时，必须以一室1粒的种子为依据。种子色泽，有黑褐、棕褐、油黑等类型。未成熟或受病虫危害的种子，多为黄褐色或带杂斑。种子大小相差悬殊，种径大都在12～15毫米，12毫米以下的种子活力则差。种子的千粒重，轻的500克左右，重的可达2000克，多数在1000克左右。正常采收和保管下，种子的发芽率约为75～85％。

茶树种子属顽拗型种子，因此它不宜在低水分含量和低温下贮藏。