譬如说，新农保制度明确规定了中央、地方政府对于农民养老的投入标准，但是，由于统筹层次基本仍在县、区一级，这在现实中可能碰到的矛盾是：越是农业人口占比高的地区，其财政状况往往越吃紧，资金管理水平也往往越是低下，所以未来发展的方向将是逐步提高统筹层次；但对于经济发展水平高的地区来说，可能会因为担心“吃亏”而对此积极性不高。

　　新农保制度面临的另一个重大难题是，指导意见暂时规定对参保居民实行属地管理，但是中国的人口构成正在越来越多地表现为三元结构而非传统的二元结构，即，在按户籍划分的城、乡两类人口之间实际另有一个进城务工的庞大群体。这一群体（尤其是其后代）如何选择自己的社保问题、是否愿意参加新农保等，不仅直接决定了新农保制度的实用性和覆盖面，而且也将影响未来农保制度的调整方向和完善措施。