抗战胜利后，吴觉农回到上海，在朋友们的邀请下，参加了他们共同组织的兴华制茶公司，经营出口茶叶，推行机械制茶，后从台湾购来一套茶叶精制机械，在杭州办起了之江制茶厂。

1949年5月，吴觉农应邀去北京参加政治协商会议。他提出的关于成立茶叶专业公司的建议得到支持，积极主持筹备，亲自兼任中国茶叶公司总经理。他迅速签订对苏茶叶易货合同，组织收购和加工茶叶，扩大对外易货偿债；大力订制制茶机械，在各主要茶区相继建立各种类型机制茶厂，为茶叶事业的发展竭尽心力。1979年以后，他仍以中国农学会副理事长和中国茶叶学会名誉理事长的身分，热情参与茶业考察和学术活动。

吴觉农也是我国当代茶叶高等教育和茶叶科研机构的倡导者与组织者。他认为振兴茶业，必须造就大量高等专业科技人才。1939年他在香港时就和复旦大学有关人士商议此事，后征得复旦大学代校长吴南轩同意，并从贸易委员会和中茶公司争取到教育拨款，复旦大学农学院茶叶系科于1940