1952年院系调整，王泽农由上海复旦大学调至安徽大学农学院，1954年安徽农学院独立建院，他又由芜湖调至合肥。一直在茶业系任教，先后担任过土壤农化教研室主任、茶叶生物化学教研室主任、科研处处长、教务长、院学术委员会

创导茶学研究的生物化学基础理论

在王泽农以前及其本人早期关于茶叶的化学研究都局限于茶叶成分的分析，以后虽然有所发展，但一直没有超越植物化学或植物成分化学的范畴。通过多年的科研和生产实践，他认识到植物本身内在因素及外界环境和农业措施对植物成分的影响造成数量上的变异，归根结底是植物生理和生化反应。因此，农业化学、植物成分化学研究的归宿，必然是植物生物化学。同时，他还体会到，茶学的研究主要是解决茶叶高产优质问题，离开茶叶结构物质的生物合成和特征成分的形成和转化，离开生物化学，是无法彻底完成任务的。

50年代以后，王泽农在科学研究中，始终贯串了生物化学这条主线，如60