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无害化处理在有机肥料比如人畜粪便中常常带有各种病原菌、病毒、寄生虫卵等,杂草中常常带有各种病虫害传染体及种子等,因此有机肥料在用于有机茶园之前一般都要经过无害化处理,变有害为无害。目前,有机肥料无害化处理主要有3种方法,即物理方法、化学方法和生物方法。物理方法如暴晒、高温处理等,但会使养分的损失严重且成本高;化学方法就是用化学物质除害,这种方法在有机茶的生产过程中不能采用;生物方法如接菌后的堆腐和沤制,是在有机茶的生产过程中惟一可以采用的方法。有机肥料无害化处理的堆沤方法也很多,如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法、工厂化无害化处理等。