最后是运输中容易产生的问题。长途运输的蔬菜会造成一定的营养损失。据营养学家测定，在运输过程中，3天之内，青蒜及葱会失去50％的胡萝卜素，绿豆将失去60％的维生素C。一些食物中天然的抗癌物质和酶在运输过程中也会被破坏。此外，路途中各种灰尘和燃料废气，以及短时间内冷热湿燥的气候变化都会影响蔬菜的营养成分。

　　不过，何洪巨指出，并非所有反季节蔬菜都存在这些问题，“市场上大部分蔬菜还是安全，可以放心食用的。”中国农科院植保所研究员、北京农药学会理事袁会珠也表示，人病了要打针吃药治疗，对于水果蔬菜来说，也是一样的道理。病虫害防治是农业生产过程中必不可少的环节，“只要按照标准来用，即使蔬菜上有农残，只要不超标就不会危害健康。”而对于营养问题，中国科学院华南植物园副主任傅德志认为，反季节蔬菜跟正常生长的蔬菜没有太大区别，在冬天，反季节蔬菜极大地丰富了人们的餐桌，不像以前只能吃不新鲜的土豆和白菜。

　　中国农业大学副教授范志红也认为反季节蔬菜不能不吃，她说：“在北方如果一定要吃应季食物的话，那么5个月的时间里只能吃豆芽或者储存的白菜、萝卜。过去，没有反季节蔬菜，到了2～4月“青黄不接”时，人们总会有营养不良的现象。另外，无论什么季节，吃蔬菜水果，总比不吃要好。所以反季节蔬菜不能一棒子打死。”