《熹平石经》立后不久，汉献帝初平元年（公元190年），董卓烧毁洛阳宫庙，太学荒废，石经始遭破坏。北齐高澄时将石碑从洛阳迁往邺都，石碑却在半路上掉到水里，运到邺都的已不到一半。隋朝开皇年间，又从邺运往长安，但营造司竟用石碑做柱子的基石。至唐贞观年间，魏征去收集残存石经时，已几乎毁坏殆尽。

自宋代以来偶有石经残石出土，后又陆续在河南洛阳、陕西西安两地发现一些零碎残石，至民国时期在太学旧址时有残石出土，达数百余块之多，据统计共8275字。新中国建立后又发掘和收集的600余字，总计共有8800多字。自宋代洪适在《隶释》中著录石经拓本以来，历代文人学者收集、传拓石经残字以校勘经文、研究书法。如宋代洪适之会稽蓬莱阁本、石熙明之越州本、明代靖江王府本、清代海盐张燕昌石鼓亭本、如皋姜任修本、陕西申兆定关中碑林本等。现在这些极为珍贵的残石分别收藏于西安碑林、中国社会科学院考古研究所、中国国家图书馆等，还有的已流散到国外 ，如日本中村不折氏书道博物馆就收藏残石数块。

《熹平石经》规模浩大，气势恢宏，是东汉时期尊崇儒学、经学发达等诸多社会历史原因所产生的文化瑰宝。它作为我国历史上最早的儒家经典石刻本，对人们校对版本、规范文字提供了准确的范本。同时也对其后历朝历代以经典文献为内容的大规模刻石具有一定的启发意义。此外，石经精严端庄的字体结构也是研究汉代书法的珍贵资料。