口蹄疫需先有当地牲畜口蹄疫发生或流行。并有与病畜接触机会。或饮用病畜污染而未加热的奶等感染关系。而手足口病。患儿传染性明显。呈流行性传播。且临床表现有区别。口蹄疫、手足口病都可在临床基础上诊断。必要时分离病毒做出病原学确诊。