应用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记方法，对分布于我国的金花茶组金花茶系的35个样品进行了分析，样品包括了《中国植物志》收录的该类群的15种2变种、2个未收录的种和4个已归并但在分类处理上存在分歧的种。4对引物组合E-ACG/M-CAGE-ACG/M-CTGE-AGG/M-CTGE-AGG/M-CAT用于选择性扩增，其中EcoRI引物的5′端用荧光染料进行标记。这4个引物组合共得到298条扩增带，其中278条带是多态性的。计算了样品间的Nei和Li(1979)相似性系数，基于这一相似性系数应用UPGMA法进行聚类分析，得到了树状分枝图。　　分析结果表明：　　(1)贵州金花茶是一个好种；　　(2)支持将毛籽金花茶、陇瑞金花茶、弄岗金花茶和大样弄岗金花茶归并到淡黄金花茶的观点；　　(3)薄叶金花茶、小花金花茶、夏石金花茶和小瓣金花茶之间的亲缘关系较近。