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1949年,他应复旦大学校长陈望道之请,到复旦任茶学专业教授。还曾到安徽大学农学院和华中农学院任教,1954年始,在浙江农业大学任茶学系教授至退休。
庄晚芳在茶学及茶文化方面成就斐然,有不少为学界尊崇的著作,他于1956年编著的《茶作学》是中国现代茶树栽培学的重要专著。1957年他的《茶树生物学》出版,这是我国第一本系统论述茶树生物学特性的专著。书中率先对茶界长期论争不休的茶树原产地问题作了系统论证,批驳了关于茶树原产于印度的观点,科学推断云南是茶树原产地的中心。书问世20年后,当茶学界再次掀起考证茶树原产地的高潮时,庄晚芳又著《茶树原产于我国何地?》论文,作了进一步的翔实论述。此后,在茶学方面,庄晚芳妙论迭出,其中有著名的关于茶叶“愈采愈发”的观点;60年代初,关于将中国茶树区分为7个主要类型的意见等等,奠定了他作为一