其大意是用当时在文人士大夫群体中流行的心禅之学，以禅宗的南北分宗譬喻山水画的流派分野，将山水画的发展史截然分为两派。分派的关捩在唐代，并各追任了一位祖师，排出了传承的谱系。如同禅宗以“顿悟”与“渐悟”的修持观念分南北一样，山水画的分派依据的是风格技法方面的“渲淡”与“钩斫”的不同。历史上，禅宗的北宗在与南宗的竞争中败下阵来，逐渐势微，在董其昌看来，山水画的北宗也经历了类似的过程，而他所推崇的则是南宗。

南北宗论首先在一个以董其昌为核心的小圈子里获得认同，比如他的友人莫是龙与陈继儒的著作里都有内容相同或相近的话。不过，由于董其昌的地位特殊，在东南地区隐隐然是艺坛领袖，附骥者众多，这一论断的发明权最终被归于他一人名下，而南北宗论的命运也与对董氏其人的评价紧密地联系在了一起。在晚明乃至整个清代，南北宗论打着董其昌的标签，逐渐成为一种后人认识山水画发