北宋时已经残缺，《魏书》一百三十卷，全缺二十六卷，不全者三卷；《周书》五十卷，全缺五卷，不全者二卷；《北齐书》五十卷，原本仅存十七卷，残缺最甚。嘉祐间整理时所据本，可能形成于北宋初年，采取的是拼凑《北史》和其他史钞(一般认为是已经亡逸的《高氏小史》)以补缺的办法，与清代以来辑佚古书必说明所据文本来源的规范有很大不同。北宋整理本所据的资料现在已经无法见到，宋以后已经认可了三史的地位，当然不必变动。但在唐长孺先生整理三史时，已经注意到《初学记》、《册府元龟》、《太平御览》、《通志》中，有不少超过今本的内容，除了陈垣补出《魏书乐志》一页外，又据《册府元龟》补出《魏书礼志》和《刑罚志》各一页，补出《周书武帝纪》和《杜杲传》的阙文，但因为受到不作新本体例的限制，并没有作宋补阙卷清理工作和三史残文的辑佚工作。最近刊布的1961年石泉先生致中华书局信，即提出新版“应该尽可能恢复《魏书》、《北齐书》、《周书》的真实面目”，主张将三史中宋人据《北史》增补的部分剔除，“去掉其形式上虚伪的‘完整