《熹平石经》立后不久，汉献帝初平元年（公元190年），董卓烧毁洛阳宫庙，太学荒废，石经始遭破坏。北齐高澄时将石碑从洛阳迁往邺都，石碑却在半路上掉到水里，运到邺都的已不到一半。隋朝开皇年间，又从邺运往长安，但营造司竟用石碑做柱子的基石。至唐贞观年间，魏征去收集残存石经时，已几乎毁坏殆尽。

自宋代以来偶有石经残石出土，后又陆续在河南洛阳、陕西西安两地发现一些零碎残石，至民国时期在太学旧址时有残石出土，达数百余块之多，据统计共8275字。新中国建立后又发掘和收集的600余字，总计共有8800多字。自宋代洪适在《隶释》中著录石经拓本以来，历代文人学者收集、传拓石经残字以校勘经文、研究书法。如宋代洪适之会稽蓬莱阁本、石熙明之越州本、明代靖江王府本、清代海盐张燕昌石鼓亭本、如皋姜任修本、陕西申兆定关中碑林本等。现在这些极为珍贵的残石分别收藏于西安碑林、中国社会科学院考古研究所、中国国家图书馆等，还