在选择好间作树种和合理种植的基础上，整枝修剪是管理好间作园的重要一环，它既是调节间作树营养生长和生殖生长的有效措施，在立体复合生态茶园中还是调控茶树光热水气、实现合理遮荫的主要措施。从便于生产管理和有利于茶树通风透光的目的出发。间作树的分枝高度应控制在1.8m以上。培养适宜生态茶园要求的树冠，在主杆不同方面的高度上留3个～4个侧技，在侧枝上留2个～4个分枝。使侧枝与侧枝之间，分枝与分枝之间在层次上，方位上，叶层厚度上做到措落有致，稀密适宜，合理分布。除了每年都要整枝修剪外，还要根据茶叶生产的需要，不失时机地疏掉一部分大的枝条，保持绝大多数茶树既能得到直射阳光的照射又能得到间作树枝叶的遮荫。