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--水产养殖病害防治技术体系。重点研究以生态控制为主要手段的健康养殖技术和病害监测、预报技术,加强免疫防治技术、疫病检疫技术及安全用药技术的研究与开发。
--渔业资源合理开发及增殖技术体系。重点研究开发科学院的养殖方式、结构、布局优化技术及养殖潜力评估和管理技术,开发新的远洋渔业资源捕捞技术,积极开展海洋生态资源多样性保护和特种资源繁殖技术研究。
--高效、优质集约化养殖技术体系。重点研究开发海淡水工厂化养殖技术、近海抗风浪深水网箱养殖技术及相关的养殖设施和自控技术,开发符合清洁生产要求的高效生态养殖新技术。
--海洋渔业农牧化工程技术体系。重点发展海洋渔业工程技术,研制现代化渔业技术装备,开展封岛栽培渔业技术研究;实施重点江河、港湾的鱼、虾、贝类人工放流增殖。
--水产深加工