重庆任贸易公司副总经理，筹办茶叶对外出口贸易。1940年秋，促成复旦大学农学院茶叶系和茶叶专修科的建立，为中国第一个高等院校茶叶专业系，任教授，系主任。同年加入中国民主革命同盟，和梁希等人推动和主持中华农学会的工作，团结了一批农业科学工作者，并参加争取民主宪政等社会政治活动。1941年，他又在福建崇安设立我国第一个茶叶研究机构——中国茶叶研究所，任所长。抗日战争胜利后，他在1946年与友人共同创办了上海兴华制茶公司，任总经理。1947年又创办了之江机械制茶厂，任董事长。解放战争时期，他在党的直接领导下，利用其社会声望及工作条件，尽力掩护党的地下工作人员，宣传党的政策，调查分析国民党统治区形势，营救遇难同去，他还按中共的要求，参与创办了现代经济通讯社，任董事长，并担任我党开设的合众企业公司的常务董事，设法运输并接济解放区各种急需物资。1949年秋，他以社会科学界代表身份参加中国人民政治协商会议第一届全体会议，参与制订了《共同纲领》和筹建中华人民共和国的工作，出度了开国大典。新中国成立后，吴觉农被任命为中央人民政府农业部副部长兼中国茶业公司总经理。并先后担任中国农学会副理事长、名誉会长，中国茶叶学会副理事长、名誉理事长。他在主持中茶公司期间，在全国建立了较完整的茶叶产销体系，积极开展对外贸易，在各主要产茶区建立了各种类型的机制茶厂，同时组织建立和扩大茶叶教学、科研机构，以提高产制运销技术，培养专业人才。粉碎“四人帮”后，他心情激奋，虽年逾八旬，仍以极大的热情参与各项

考察和学术活动、亲赴边疆地区调查研究，并对发展茶叶出口创汇，提出了一些全局性的宏观管理改革意见。他几十年如一日地从事茶叶史料的搜集和研究，发表了大量精湛的茶叶论著，在90高龄时还撰写主编了其最后一部著作《茶经述评》。他的著作丰富了祖国茶叶的历史文库。在近70多年岁月里，他为振兴祖国茶叶事业作出了重要贡献，被誉为“当代茶圣”。

　　吴觉农生前情系故土，十分关心绍兴人民的生活与茶业生产的发展，曾多次返乡视察，在上虞与嵊州创办茶场，引进良种，培养人才，极大地促进了绍兴茶业的发展。

　　1989年10月28日，吴觉农因病在北京去世，终年92岁。

　　1990年10月28日至30日，纪念吴觉农逝世一周年暨骨灰安放仪式、吴觉农学术思想研讨会在上虞举行。吴觉农墓建在风景秀丽的百官龙山，实现了他魂归故土的遗愿。