成立后，吴觉农被任命为中央人民政府农业部副部长兼中国茶业公司总经理。并先后担任中国农学会副理事长、名誉会长，中国茶叶学会副理事长、名誉理事长。他在主持中茶公司期间，在全国建立了较完整的茶叶产销体系，积极开展对外贸易，在各主要产茶区建立了各种类型的机制茶厂，同时组织建立和扩大茶叶教学、科研机构，以提高产制运销技术，培养专业人才。粉碎“四人帮”后，他心情激奋，虽年逾八旬，仍以极大的热情参与各项

考察和学术活动、亲赴边疆地区调查研究，并对发展茶叶出口创汇，提出了一些全局性的宏观管理改革意见。他几十年如一日地从事茶叶史料的搜集和研究，发表了大量精湛的茶叶论著，在90高龄时还撰写主编了其最后一部著作《茶经述评》。他的著作丰富了祖国茶叶的历史文库。在近70多年岁月里，他为振兴祖国茶叶事业作出了重要贡献，被誉为“当代茶圣”。

　　吴觉农生前情系故土，十分关心绍兴人民的生活与茶业生产的发展，曾多次返乡视察，在上虞与嵊州创办茶场，引进良种，培养人才，极大地促进了绍兴茶业的发展。

　　1989年10月28日，吴觉农因病在北京去世，终年92岁。

　　1990年10月28日至30日，纪念吴觉农逝世一周年暨骨灰安放仪式、吴觉农学术思想研讨会在上虞举行。吴觉农墓建在风景秀丽的百官龙山，实现了他魂归故土的遗愿。