云南普洱茶渥堆过程中的主要微生物有黑曲霉、青霉属、根霉属、灰绿曲霉、酵母属、细菌类。细菌数目极少，没有发现有致病细菌。这些微生物中，有黑曲霉、酵母菌、根霉属在不同的环境条件下或加工过程中优势地位交替变化，由于优势菌群在不同阶段的作用，最终形成了目前现行厂家不同的多样性的普洱茶。

黑曲霉与普洱茶

黑曲霉是一种低等真核生物，作为世界公认的安全可食用性，在工业生产和学术研讨中占有重要的地位。作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，研究其生命周期极其代谢产物变化有着重要意义。

在普洱茶大生产发酵渥堆过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以生产胞内、胞外两类霉，有20种左右的水解霉，其中葡萄糖淀粉酶、纤维素酶和果胶酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和非可溶性化合物等有机物。水解产物大多为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出、扩散，为增强茶汤的滋味和形成普洱茶干滑、醇厚的品质特色奠定了坚实的物质基础。所以说，在普洱茶发酵过程中黑曲霉代谢产生的有机酸和酶对普洱茶品质的形成有着重要的作用，并且在普洱茶渥堆过程中黑曲霉始终是以优势菌群作用于普洱茶。