工中主要化学物质变化规律及品质形成机理”开展系统研究，当时的科研条件十分艰苦，大学停电停水习以为常，课题组坚持连续三个暑假通宵加班确保研究计划不受白天停电的影响。1991年课题组在《茶叶科学》上发表了“黑茶制造化学专辑”，初步建立了现代黑茶加工理论体系。2004年以来，刘仲华率领团队采用现代分析化学、生物化学、微生物学、分子生物学的先进手段，对黑茶加工中优势微生物菌群及代谢产物变化、主要香味品质成分与功能成分变化进行了深入的研究，进一步探明了黑茶加工中品质风味形成机理，丰富和完善了黑茶加工理论体系。

两个阶段的黑茶制造生物化学研究，发现了黑茶加工过程中优势微生物菌群及其演变规律，明确了黑茶初制中的优势微生物菌群是假丝酵母菌、黑曲霉、芽孢细菌等，黑茶压制发酵中的优势微生物菌群为冠突散囊菌。探明了黑茶特征性品质风味形成机理及品质调控途径，明确了微生物释放胞外酶与茶叶中湿热作